有机热载体炉的运行操作应贯彻"安全供热，节约能源"的原则。保证安全运行，注意节煤、节电，提高经济效益。
有机热载体炉的正常运行指标液相有机热载体炉供热量与输出介质的流量和温度有关。有机热载体炉的热传导液的循环流量应当不低于图样规定的设计流量，达到额定功率时温差满足图样要求，其中这个参数也与用户采用的热传导液的本身物性有关。为了达到合理的输出功率，用户应当以炉的进出口温度差为运行参考依据。当进出口温差减小时，说明用热量减少，应相应减弱燃烧；反之则应强化燃烧。
    巡回检查和异常情况处理司炉人员在值班时，除了作好燃烧调节、保证供热外，还应定时进行巡回检查，并作好记录。检查记录包括：进出口温差、压力、循环泵的电流、鼓风机电流、引风机电流、膨胀槽液位等。有机热载体炉的司炉人员应做好详细的记录，做到勤检查、勤发现、勤检修，遇到问题及时冷静处理，避免不必要的事故发生。
    对于有机热载体炉的膨胀槽，务必要保证将膨胀槽内的油放尽，以免系统吸入空气。可以预先将膨胀槽内的油液放至贮油槽，当膨胀槽内油液即将放完而未放尽时，在贮油槽液位计上作一油液液位标记，进行冷油转换操作时，当贮油槽油位趋于标记时，关闭冷油置换阀。
    所有的承压锅炉都必须严格遵循操作规程，有机热载体炉也不例外。